Qarabağ və Şərqi Zəngəzurun şirin su ehtiyatları Ermənistanın sənaye və kənd təsərrüfatı tullantıları ilə uzun müddət çirkləndirilib ki, bu da bölgənin canlı ekosisteminə ciddi ziyan vurub. Ermənistanın 16-dan çox yaşayış məntəqəsinin çirkab suları Araz çayı və onun sol qollarına mütəmadi şəkildə axıdılır.
Bu barədə AZƏRTAC-a məlumat verən Elm və Təhsil Nazirliyinin Akademik Həsən Əliyev adına Coğrafiya İnstitutunun şöbə müdiri, coğrafiya üzrə fəlsəfə doktoru Mirnuh İsmayılov bildirib ki, aparılan araşdırmalar Araz çayının Ermənistandan Naxçıvana daxil olan hissəsində vəziyyətin xüsusilə ağır olduğunu göstərir. Həmin suyun tərkibində fenollar normadan 220–1160 dəfə, ağır metallar 36–44 dəfə, azot-fosfor duzları 26–34 dəfə, xloridlər 28 dəfə, neft əsaslı çirkləndiricilər isə 73–112 dəfə artıqdır. Araz çayına tökülən Zəngi çayı isə Ermənistan ərazisində çirklənmə səviyyəsinə görə birinci yerdədir. Nəticədə Araz hövzəsində balıq növlərinin azalması, balıqlarda xəstəliklərin artması müşahidə olunur. Oxçuçay da Mehri, Qacaran, Qafan və digər mədən sənayesi müəssisələrinin turş və ağır metal tərkibli suları ilə kəskin çirklənib. Mədənlərin aktiv fəaliyyəti zamanı çayda mis normadan 20–45 dəfə, fenollar isə 5–10 dəfə çox olur ki, bu da suda yaşayan orqanizmlərin məhvinə səbəb olur.
Alimin sözlərinə görə, Xonaşen, Qarqarçay, Xaçınçay, İncəsuçay, Coğazçay, Oxçuçay və Tərtərçay Qarabağ və Şərqi Zəngəzurdan başlayır. İşğal dövründə bu çaylara böyük həcmdə məişət tullantıları, zavod və mədənlərin çirkli suları axıdılıb. Bərgüşad və Həkəri çaylarında qiymətli balıq ehtiyatları elektrik cərəyanı və partlayıcı maddələrlə məhv edilib. Bölgədəki göllər də ekoloji zərər görüb. Bu göllər içində ən çox antropogen təsirə məruz qalanı sərhəddə yerləşən İşıqlı Qaragöldür. Ermənistan və Azərbaycanın təbii mühafizə zonası olan göl işğal dövründə qeyri-qanuni məskunlaşdırılıb və Ermənistan tərəfindən suvarma üçün istifadəsi nəticəsində suyu tükənib, biomüxtəlifliyi xeyli azalıb.
M.İsmayılov əlavə edir ki, torpaqlar azad olunduqdan sonra dövlət tərəfindən həmin ərazilərdə şirin su ekosistemlərinin bərpası istiqamətində fövqəladə tədbirlərin həyata keçirilməsinə başlanılıb.